SMP Muhammadiyah 3 Natar merupakan pindahan dari SMP Harapan Masa Depan Pancasila. Berdiri sejak tahun 1992 di atas lahan seluas kurang lebih 1 Ha. SMP Muhammadiyah 3 Natar diresmikan pertama kali oleh Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah Provinsi Lampung yaitu Bapak Drs.H. Muhammad Shodri. Penerimaan siswa/i baru dimulai pada tahun pelajaran 1992/1993 dengan jumlah siswa kelas VII sebanyak 20 siswa pada masa itu. Selaku kepala sekolah adalah Bapak Muhammad Kamiludin BA. (Al Marhum). Sejak berdiri hingga saat ini tahun pelajaran 2019/2020, estafet kepemimpinan kepala sekolah SMP Muhammadiyah 3 Natar adalah sebagai berikut :
1. Tahun 1992 - 1995 dipimpin oleh Bapak Muhammad Kamiludin BA.
2. Tahun 1996 - 2000 dipimpin oleh Bapak Hendri Subiyanto, S.Pd.
3. Tahun 2001 - 2003 dipimpin oleh Bapak Waluyo, S.Pd.
4. Tahun 2003 - 2005 dipimpin oleh Bapak Abdullah Syahroni, A.Md.
5. Tahun 2006 - 2012 dipimpin oleh Bapak Toha Akhmad, S.Pd.
6. Tahun 2013 - 2017 dipimpin oleh Bapak Shohibun, S.Pd. Ind.
7. Tahun 2018 sampai dengan sekarang dipimpin oleh Bapak Rudianto, S.Pd.I.,M.Pd.